La Biblioteca Nacional funciona con un presupuesto que le asigna el Ministerio de Educación para las 58 bibliotecas adscritas al Sistema Nacional de Bibliotecas. Desde el año 1997, cuando se creó la Fundación Biblioteca Nacional, se asignó un fondo patrimonial para un proyecto de modernización del sistema público de bibliotecas. Hasta ahora se ha funcionado con eso y con una asignación presupuestaria que da el Ministerio de Educación que consta de una partida transferible y unos fondos no transferibles.
Estos últimos consisten en que el Meduca asume una serie de costos de la Biblioteca Nacional como el pago de la electricidad, el agua y la luz de muchas bibliotecas públicas.
Esta vez se pidió un aumento de los fondos transferibles porque los costos de mantenimiento del edificio y de modernización se incrementaron. En un principio ese aumento de la asignación del fondo transferible que da Meduca no fue aprobado, pero esta semana se resolvió.