La Federación Panameña de Béisbol (Fedebeis) oficializó el sistema de campeonato para el Torneo Juvenil 2013, y será el mismo con el que se celebró el pasado certamen.
La ronda de todos contra todos se jugará a dos vueltas. Luego, los cuatro equipos con los mejores registros se enfrentarán en dos series de cinco encuentros, en semifinales cruzadas, el clasificado 1 contra el 4 y el 2 frente al 3.
La gran final se realizará a siete partidos.
