Un nuevo sistema, casi similar al de la categoría mayor, se utilizará para el Campeonato Nacional de Béisbol Juvenil 2008.
Los equipos serán divididos en dos grupos: Liga Central y Nacional.
La Central es conformada por Los Santos, Veraguas, Chiriquí, Chiriquí Occidente y Bocas del Toro. La Nacional la integran Panamá Metro, Panamá Oeste, Colón, Coclé, Darién y Herrera.
La primera fase comprende una ronda de todos contra todos, independiente del grupo a que pertenezcan los equipos.
Las seis mejores novenas con mejor récord (no importa la liga a que pertenezcan, clasificarán a la siguiente fase.
Los equipos que avancen jugarán todos contra todos a dos rondas. Manteniéndose en su grupo, clasificarán los dos primeros que jugarán una serie al mejor de cinco partidos, para definir al campeón de cada liga.
Los campeones de cada liga se enfrentarán por el título nacional a una serie al mejor de siete cotejos.
