Esto puede producir cambios en las corrientes marinas y perjudicar en determinado momento los procesos de reproducción de ciertas especies, aunque este impacto aún no ha sido establecido con exactitud.
Según Ross Robertson del Instituto de Investigaciones Tropicales Smithonian (siglas en inglés STRI), “El Niño” aparece cada cuatro años y tiene un mayor impacto sobre esta región, que en el resto del mundo, por lo que las alteraciones suelen ser más intensas, sobre todo en el aumento de la temperatura y el volumen de agua.
Uno de los grandes efectos del fenómeno de El Niño, registrado en los primeros años de la década de los 80, fue la muerte de una gran cantidad de corales y provocando casi su desaparición en el Pacífico Oriental Tropical (POT).
Sin embargo, este efecto no fue registrado en las aguas del Caribe en donde la población de corales no sufrió ningún tipo de efecto por la presencia del fenómeno de “El Niño”.