En 1997 algunos ex legionarios acusaron al Padre Marcial Maciel de paidofilia.
A fines del año 2004, el Papa Juan Pablo II autorizó al entonces Cardenal Joseph Ratzinger para que reabriera el caso presentado siete años atrás.
En el 2006, en un comunicado, la Santa Sede no especificó si había concluido definitivamente que las denuncias eran auténticas, pero debido a la avanzada edad de Maciel de 86 años, y a su deteriorada salud, había decidido no iniciar un proceso canónico a gran escala en la Iglesia.
Esta fue la primera decisión importante referida a denuncias por abusos sexuales adoptada por el Papa Benedicto XVI.
En mayo de 2006, y tras cuatro décadas negando las denuncias de pederastia, la jerarquía de la Iglesia ordenó a Maciel abandonar el ejercicio del sacerdocio y renunciar a toda aparición pública, pero no estableció si el castigo se debía a que consideraba fundadas las acusaciones.
