Las interacciones de las plantas tropicales y los hongos endófitos en las diferentes especies de plantas, sus efectos en el desarrollo y los costos y beneficios, son estudiadas por el Dr. Allen Herre, científico del Instituto Smithsonian de Investigaciones Tropicales y sus colaboradores.
Hasta el momento se ha podido conocer que los hongos endófitos viven en tejidos saludables de todas las plantas estudiadas hasta el momento, incluyendo la planta del cacao, Theobroma cacao, un cultivo importante para países en el Neotrópico, incluyendo a Panamá.