Para garantizar la eficiencia en el uso de los fondos, la Oficina del FECE elaboró un manual de procedimientos, donde están los pasos necesarios para hacer buen uso de los recursos, con el propósito de agilizar y controlar los trámites.
Además recientemente se capacitó a los directores sobre el manejo del FECE.
Por otro lado, se desarrollan sistemas de control, supervisión y asesoría, por lo que se visitarán los colegios con la finalidad de asegurar que los informes estén al día y que los recursos se utilizarán para lo que fue presupuestado y no para otra actividad.
El FECE está constituido por el 27 % del impuesto del seguro educativo.
Oficinas del FECE se han creado en cada región educativa para controlar el uso de estos dineros.