Lograr un sistema de salud sin duplicidad y con calidad, cumpliendo con la agenda social correspondiente al periodo de gestión 2000-2004, era la meta impuesta por la administración de Mireya Moscoso
Las prioridades del gobierno Moscoso estuvieron enfocadas en el mejoramiento de infraestructuras, la reapertura de los centros de salud a nivel nacional, la compra de equipo tecnológico para el Instituto Oncológico Nacional, el Proyecto de Saneamiento de la Bahía de Panamá, el control de las epidemias, el rescate del Instituto Conmemorativo Gorgas, proyectos rurales de letrinación y agua potable, salud nutricional, ambiental, logros internacionales y la cobertura en áreas de difícil acceso.
El presupuesto establecido entre los años 2000-2004 sobrepasó los B/.430,000 millones anuales. El total de inversiones durante el mismo periodo alcanzó B/.155 millones 803 mil 568.53.
La obra cumbre en el sector salud fue la construcción y equipamiento del Hospital Santo Tomás, según la propia presidenta Mireya Moscoso.
Una de las prioridades establecidas estuvo dirigida a la ampliación de la cobertura de los servicios en poblaciones rurales, indígenas, no indígenas y urbano marginal de áreas de difícil acceso.
Esta inversión tuvo un monto de B/.21 millones, con una cobertura de 3,600 comunidades y una población atendida aproximada a las 500 mil personas.
La adecuación, remodelación, reposición y equipamiento de hospitales y centros de salud, son parte del mejoramiento en la atención de los servicios de salud contemplados en el programa del informe de gestión del MINSA.
El ministro Fernando Gracia dijo que su cartera logró invertir B/.6 millones 361 mil 667.80 en 199 proyectos de esta naturaleza, con un total de 3,617 empleos directos a nivel nacional.
El Gobierno desarrolló en el 2001 un total de 54 proyectos por un monto de B/.2 millones 065,126.04; en el 2002 se programaron 57 proyectos por B/.2 millones 945,268.50.
El proyecto de limpieza de la bahía es considerado otro de los grandes proyectos de la gestión Moscoso. Días antes de concluir el actual gobierno recibió el 40% de los planos y diseños del proyecto, cuya firma estuvo a cargo del ministro Gracia y del director del Instituto de Acueductos y Alcantarillados Nacionales, Laurencio Guardia.