El barrido de pisos interiores y exteriores, el traslado de residudos, fumigación y demás trabajos de limpieza, son desarrollados por funcionarios de la Alcadía de Panamá y arrendatarios del mercado, quienes se encargan periódicamente del mantenimiento de las instalaciones.
La jornada se realiza con el fin de cumplir los estándares de salud exigidos por las autoridades sanitarias.
El Mercado de Marisco atiende semanalmente a unas cinco mil personas entre nacionales y extranjeros y las labores de limpieza se realizan mensualmente para erradicar insectos y bacterias.