Pese a que muchos usuarios están de acuerdo en que el Transmilenio es una gran mejora frente al sistema de transporte público convencional, crecen las críticas acerca del sistema: las estaciones y los vehículos están repletos, más que la capacidad recomendada y segura, aún durante las "horas no pico". La ATTT anunció que el primer tramo del "Transmilenio panameño" comenzará a construirse a principios del 2007 y se convocará a una licitación previa para otorgar concesiones de la flota de vehículos, así como del sistema general, estaciones, carriles exclusivos y centro de control de semáforos para la ciudad.
Desde el principio, la propuesta se vendió como la opción "barata" e inmediata para combatir el problema del transporte público en las grandes ciudades de América Latina.
Incluso el Banco Interamericano de Desarrollo acogió la idea de financiar.
El pasado 29 de septiembre, el concejal Bruno Díaz señaló en un reporte de Caracol que "jamás Bogotá debió tener el Transmilenio y lo que se necesitaba era un metro", de que los intereses políticos o personales influyeron en la decisión final.
