El crecimiento de la población, la industrialización y urbanización, no solo aumentan la demanda de agua, sino que inciden en la contaminación de ríos, fuentes y redes de distribución que abastecen los diferentes corregimientos.
En el país hay cerca de 52 cuencas hidrográficas. Las aguas de muchos de los ríos que fluyen a estas cuencas han disminuido en calidad y cantidad, por la contaminación, erosión y poca conservación por parte de autoridades ambientales y comunidades.
Algunos ríos se han convertido en vertederos de aguas residuales. Un estudio de la Autoridad del Canal de Panamá (ACP) indica que 82% de estas aguas cae a ríos, quebradas y otros lugares.
Los residuos orgánicos e industriales vertidos a la Cuenca del río Chagres, que suministra la mayor parte del agua a los lagos Gatún, Miraflores y Alhajuela para consumo humano y funcionamiento del Canal, incrementa el costo de purificar el agua en la potabilizadora de Chilibre, según Belgis Chial, quien trabaja en los laboratorios de la Autoridad Nacional del Ambiente (ANAM).
Un informe de la ACP sobre el Estado Ambiental de la Cuenca Hidrográfica del Canal de Panamá 2007, señala que el agua de Alhajuela y Gatún es apta para consumo humano, pero hay áreas donde se registraron evidentes signos de degradación.
Estas son áreas de influencia del Corredor Transístmico, que comprende las subcuencas de los ríos Gatún, Aguas Claras, Agua Sucia, Gatuncillo y Palenque, como las quebradas La Cabima, Ancha, Del Medio y Pedernal, y río Palenque, que concentra el 50% de la población de la Cuenca.
Se encontró concentración de fosfatos, nitratos, coliformes y oxígeno disuelto. Los fosfatos y nitratos están donde hay actividad agrícola, ganadera y humana. Los desechos orgánicos, detergentes, fertilizantes, vertidos ganaderos y agrícolas cambian el color cristalino del agua por marrón.
La concentración más crítica de oxígeno se encontró en los ríos que fluyen al Gatún: Tinajones, Hules, y Caño Quebrado. En el Corredor Transístmico, los ríos Chilibre y sus afluentes; Gatuncillo y Limón, en donde la presencia de oxígeno fue menor de 5mg/l., concentración mínima requerida para sostener la vida acuática.
En la ciudad de Panamá las aguas de los ríos Juan Díaz, Matías Hernández, Río Abajo, Curundú, Matasnillo, Tapia y Tocumen, no pueden tener ningún uso por el alto grado de contaminación.
En Panamá, el tratamiento de aguas residuales alcanza el 18%, mientras que la red de alcantarillado cubre el 70% en las zonas urbanas.