El Instituto Nacional, diseñado por el arquitecto italiano Genaro Ruggieri, fue construido en 1909.
La inauguración oficial fue el 18 de junio de 1911 y le tocó al presidente Pablo Arosemena, pues su creador, el mandatario José Domingo de Obaldía, murió un año antes.
El primer rector del plantel fue Justo A. Facio.
El colegio surgió porque la instrucción secundaria se impartía en centros distantes y eso implicaba grandes erogaciones al fisco.
Para la construcción del edificio se gestionó la compra del terreno, en una colina a las faldas del Cerro Ancón, con una extensión de más de una hectárea.
Tras ser inaugurado, mediante el Decreto Ejecutivo No. 80, se nombró al personal docente y se dotaron las aulas para el inicio de clases.