La visita inicia bajo el lema De la Aldea a la Urbe. En el primer piso se presenta todo lo referente al período prehispánico, así como las aldeas indígenas que estaban antes de la fundación de Panamá Viejo.
De la Excavación a la Exhibición, es una muestra del proceso que pasa el objeto que ha sido encontrado en las excavaciones y que muchas veces está el total deterioro. En el museo usted encontrará una muy breve explicación de cómo esos objetos pasan de la tierra donde fueron encontrados, a la exposición del museo.
En el museo se dictan charlas y exposiciones especiales a los visitantes que diariamente acuden, además de realizarse capacitaciones a todo público, así como a extranjeros. Cuenta con una tienda de recuerdos en la cual usted encontrará todo tipo de artesanías y accesorios sobre Panamá Viejo.
En el museo se conservan dos réplicas de mapas coloniales, la proyección de un video interactivo que muestra la ciudad de Panamá Viejo en la época colonial, una maqueta que muestra la ciudad de antes, objetos como amuletos propios de la época, artesanías, restos de vajillas, objetos de indumentarias usadas por las personas de aquella época como cuentas, argollas, alfileres, dedales, monedas de la época, botijas, pesas, sellos de plomo y cerámica sevillana.
Una lista del valor de algunas cosas de aquellos años indican cómo por cuatro huevos la gente pagaba un real y por el pescado 2 reales, haciendo referencia a la manera en que se realizaba el comercio en la época colonial.
En la planta baja encontramos una muestra de cómo España y Portugal se repartieron el mundo. Secciones como la historia sobre el sistema defensivo, las fortificaciones de Panamá, el ataque de Henry Morgan, evidencias arqueológicas del incendio, el origen del incendio y como se realizó la recuperación de Panamá Viejo, cómo se da el proceso de conservación del museo.
En este caso se encontró debidamente acreditada la ausencia de una de las tres firmas, lo cual fue confirmado por los otros dos testigos que suscribieron el testamento.
