La historia moderna de la provincia de Bocas del Toro, sin lugar a dudas, empieza con los primeros relatos y descripciones que hacen los conquistadores españoles de esta región.
Con la llegada del hombre europeo a la región de Bocas del Toro en el invierno de aquel 5 de octubre de 1502, aparece por primera vez la descripción del paisaje geográfico por consiguiente el encuentro de las dos culturas y con ella una descripción de las civilizaciones indígenas que habitaban el área antes de la llegada de Colón: los indígenas Caribes, que procedían de las islas de las Antillas y del litoral Caribe de Centroamérica. También habitaban los Nahuas de origen mexicano.
Después de la llegada de Colón aproximadamente en el año 1535, estas tierras fueron recorridas por el gobernador de Veraguas, Don Felipe Gutiérrez, especialmente la Bahía de Zoroboró e intentó formar una colonia en las cercanías del río Belén pero ésta no floreció y tuvo que ser abandonada.
En el año 1539 se creó la audiencia de Panamá por Francisco Pérez Robles, quien nombró a Hernán Sánchez de Badajoz para que conquistara esta región. Un año después, Badajoz llega a la desembocadura del río Sixaola donde funda la ciudad de Badajoz y puerto de San Marcos, constituyéndose así en la primera ciudad fundada en la provincia de Bocas del Toro. Este mismo año, Badajoz constituyó una fortaleza a la que llamó Marbella. Se encontraba cerca de la Bahía de Almirante.
En el año 1560 hubo otro intento de conquistar la región. El clérigo Juan de Estrada y Ravágo, Vicario General de Costa Rica; preparó una expedición que llegó a la bahía de San Jerónimo o Bocas del Toro en donde fundó la ciudad de Castilla de Austria. Durante 1562 Juan Vásquez de Coronado, Alcalde Mayor de Nicaragua, fue encomendado por la Audiencia para conquistar Costa Rica.
Es bueno mencionar que esta región hizo parte del ducado de Veraguas, propiedad entregada a Luis Colón y que tenía una extensión de 25 leguas cuadradas. En el año 1577, el gobernador de Nicaragua, Diego de Artieda y Chirino armó una expedición y fundó en la Bahía de Almirante la ciudad de Artieda, la cual no subsistió por falta de recursos. Pero fue de gran importancia, ya que trazó la línea que demarcaría las fronteras de Bocas del Toro.
El Fray Agustín de Ceballos en 1610, envió un relato al rey Felipe III donde describía las tribus indígenas. Durante los años comprendidos entre 1616 y 1710 hubo una gran cantidad de intentos, por parte de los misioneros españoles en convertir a los indígenas al cristianismo, pero estos en su gran mayoría se alzaron y se rebelaron.
NUEVOS PROTAGONISTAS
De 1739 a 1789 los ingleses tuvieron participación en la masacre de indígenas de la región. En 1739 provocaron choques entre indios mosquitos de la costa Atlántica de Nicaragua y los bocatoreños. Esta participación de los ingleses se dio debido a que en 1763 mediante el tratado de París, se le otorga el control de las costas de los mosquitos para el establecimiento de colonias y la explotación maderera.
En el período comprendido de 1660 hasta 1705 las costas bocatoreñas recibieron la visita de piratas y bucaneros que buscaban refugio en el archipiélago; los bucaneros Henry Morgan y Edward Mansfiel están entre los primeros en llegar a territorios bocatoreños.
LA GRAN COLOMBIA
Este período se inicia el 28 de noviembre de 1981. Continúan las invasiones de los indios mosquitos al litoral bocatoreño, destruyendo aldeas y tomando prisioneros. Los ingleses apoyaban a estos grupos. En el año 1825 hicieron coronar a Robert Ch. Frederick como rey de la Mosquitia.
Los indios mosquitos continuaron invadiendo la región, en vista de esta situación el gobierno de la Gran Colombia convirtió a la región norte de Chiriquí en Cantón provisional con un jefe político y un jefe militar. En 1836, ondeó por primera vez la bandera colombiana en el Cantón de Bocas del Toro.
En el año 1826 emigraron de la isla de San Andrés los escoceses Daniel y Tadeo Brown con todos sus esclavos, procedentes de San Andrés también vinieron los ingleses John y Víctor Peterson con sus respectivos esclavos. De allí llegaron los hermanos Samuel Julián y Pedro Sheperd. Estos hermanos construyeron una de las primeras escuelas y boticas en Bocas del Toro.
Los cambios políticos administrativos que se dieron en Bocas del Toro durante este período se pueden resumir de la siguiente manera: Con el decreto del 10 de mayo de 1982 expedido por el Congreso Colombiano, Panamá queda dividida en dos provincias electorales: Panamá y Veraguas. Al formar parte Bocas del Toro del Cantón de Alanje seguía perteneciendo a la provincia de Veraguas.
En 1831, la Cámara de Distrito de Panamá hizo de Bocas del Toro un Cantón subordinado a la autoridad de Veraguas pero no tuvo un reconocimiento inmediato. El Decreto del 30 de mayo de 1836 organiza provisionalmente la administración política del territorio de Bocas del Toro. En 1837 por medio del decreto del Congreso Granadino se crea el cantón de Bocas del Toro de Veraguas. En 1850 se publicó otro decreto reformando el anterior. Su artículo 3 decía; suprímase el territorio de Bocas del Toro, que bajo el mismo nombre queda incorporado a la provincia de Chiriquí, y restablecido a su antigua categoría de Cantón.
En 1855 se declaró comarca y se agregó al departamento de Colón. Ese mismo año mediante la ley del 12 de septiembre de 1855 quedó nuevamente en distrito sometido a Chiriquí.
El 19 de octubre de 1859 se promulgó una ley que segrega al distrito de Bocas del Toro del departamento de Chiriquí para anexarla al departamento de Colón. Mediante la ley 29 de enero de 1863 de la Asamblea constituyente recobró la categoría de comarca. Bocas del Toro constituyó en esa categoría hasta 1894 en que la Asamblea departamental de Panamá, eliminó la organización de Comarca y la elevó a distrito de la provincia de Colón. Este distrito fue segregado de Colón por la Junta Provisional de Gobierno de 1903 por el decreto - 18 del 16 de noviembre de 1903 en que se creaba la provincia. Comenzó con los distritos de Bocas del Toro, Bastimentos y Chiriquí Grande.
