Al principio de la película, parece que el oráculo le hace una profecía a Neo, vaticinando que lago malo va a ocurrir. El caso es que los agentes, para combatir a Neo, han creado a los Virus, unos entes capaces de modificar a su antojo Matrix, es decir, que tienen los mismos poderes que el Elegido. La verdad es que no son especialmente beneficiosos para la propia Matrix, pero Smith cree que son la única forma de parar a la rebelión.
Los virus consiguen infectar a Neo, le expulsan de Matrix y este es incapaz de volver a entrar. Por las mismas, Morfeo y Trinity han quedado atrapados dentro. La película transcurre por lo tanto al parecer a dos bandas, con los protagonistas separados gran parte de la película (algo así como el Imperio Contraataca
