Palermo anotó a los 19, 34 y 37 minutos, con lo que Boca se impuso en la contrario, el rival saldría de la serie entre los brasileños Sao Paulo y Fluminense, que se definía más tarde.
Atlas, una de las sorpresas del torneo, requería un empate sin goles o de 1-1 para meterse a la ronda de semifinales por primera vez en su historia, pero el equipo no supo manejar la presión de tratar de eliminar a un equipo con sobrada estirpe para este tipo de circunstancias.
Los mexicanos salieron replegados desde el primer minuto, pero su esquema se vino abajo cuando Juan Román Riquelme, quien estaba en duda para jugar por una lesión, mandó un pase perfecto por el centro del campo hacia Palermo, quien a la entrada del área remató rasante de pierna izquierda. El balón fue desviada por el portero argentino Jorge Bava, pero no lo suficiente e ingresó en el fondo.
Forzado a meter por lo menos un gol, Atlas se fue al frente y generó su primera llegada de peligro a los 30, cuando Juan Carlos Medina sacó un tiro desde fuera del área que exigió a Pablo Migliore.
Cuatro minutos después vino otra genialidad de Riquelme, quien mandó un pase de 30 metros a Rodrigo Palacio, quien enfiló hacia al área y habilitó a Palermo, quien no tuvo problemas para definir.
Un rato después, Cristian Chávez le dio un pase a Palermo, quien vio adelantado a Bava y mandó un tiro bombeado que estableció el 3-0 definitivo.
Tras la expulsión de Bava, los mexicanos siguieron buscando reducir la diferencia, pero con más ganas que buen fútbol así terminó todo y Boca es finalista.
