Nacido en Taquaritinga, Edmilson inició su carrera en el São Paulo FC, donde estuvo siete años.
Allí ganó la Copa Conmebol en 1994 y el Campeonato Paulista en 2000, esta vez como capitán del equipo. Finalmente se fue al Lyon por 11 millones de euros en junio de 2000 y luego al Barcelona por 10 millones de euros.
