El Canal cobra sobre la base de la capacidad de carga de los buques, la cual se mide en "CP/SUB" o Canal de Panamá/Sistema Universal de Arqueo de Buques.
Este sistema se le aplica una fórmula matemática al arqueo del volumen total de la nave para determinar el tonelaje neto del Canal.
Una tonelada neta del Canal es equivalente a 100 pies cúbicos de capacidad volumétrica. La tarifa apropiada se aplica dependiendo de sí el barco está cargado o en lastre (vacío).
La Líder de Segmento de Graneles Líquidos de la Autoridad del Canal de Panamá (ACP), Silvia de Marucci, indicó que se aplica la tarifa de "cargado" a los buques que llevan carga o pasajeros y la tarifa de "lastre" a los buques que no llevan ni pasajeros ni carga.
Para que un buque reciba la tarifa de lastre (vacío) no pude llevar combustible para su propio consumo que exceda el volumen de los tanques certificados con marca oficial para combustible líquido.
Marucci manifestó que otras embarcaciones flotantes, incluyendo los barcos de guerra, exceptuando los de transporte militar y naval, carboneros, barcos de abastecimiento y buques hospitales, pagan con base a su tonelaje de desplazamiento real.
Una tonelada de desplazamiento equivale a una tonelada larga de 35 pies cúbicos de agua salada. Silvia de Marucci, puntualizó que los peajes en la vía interoceánica sufrieron cambios que están vigentes desde el 1 de julio de 2003.
El nuevo peaje establece que para buques cargados el cobro es de $2.96 por las primeras 10,000 toneladas CP/SUAB; $2.90 para las siguientes 10,000 toneladas y 2.85 dólares para el resto del tonelaje.
Por otra parte, a los buques en lastre se le cobra $2.35 por las primeras 10,000 toneladas CP/SUAB, $2.30 para las siguientes 10,000 toneladas y $2.26 para el resto del tonelaje. Las toneladas de desplazamiento pagan $1.64/tonelada.
En cuanto a las embarcaciones menores de hasta 583 toneladas netas CP/SUAB, cuando transportan pasajeros o carga, o de hasta 735 toneladas netas CP/SUAB, cuando están en lastre, o de hasta 1,048 toneladas de desplazamiento, pagan un peaje mínimo basado en su eslora que va desde $500.00 hasta $1,500.00.
Antes que se registraran los cambios mencionados, los peajes eran de 2.57 dólares por tonelada para los buques con carga y 2.04 dólares por tonelada a las embarcaciones vacías. Estas tarifas regían desde 1998.
En su momento, la ACP explicó que el cambio tarifario se hacía para adecuar los costos de la vía a las demandas de la industria marítima.
Cuando el Canal era administrado por los norteamericanos, las operaciones no tenían como propósito ser rentables, sin embargo, para la administración panameña, est activo tiene que ser visto como un negocio que debe velar por los intereses de sus clientes y la calidad que le ofrece. La ruta interoceánica cobró una tarifa de 1.20 dólares por tonelada desde su apertura en 1914 hasta 1937 cuando rebajó los peajes en 25%. Luego los costos permanecieron iguales hasta el primer incremento en 1974.
Estados Unidos operó el Canal hasta el 31 de diciembre de 1999, cuando traspasó su control total a Panamá, con criterios de recuperar sólo los costos de manejo, mientras que la nación administra la vía como un negocio.
