De acuerdo con la Ley 2 de Marzo de 1986, la agroindustria es aquella industria manufacturera encargada de la transformación de bienes agrícolas, pecuarios y forestales, cuyo consumo de materia prima nacional no sea menor de 50%, excluyéndose en esta definición a los recursos pesqueros y a las agroindustrias que utilizan materia prima nacional en cantidad menor al 50%.
La definición contenida en esta ley es solo válida para efectos de los incentivos fiscales, ya que la agroindustria puede contemplar en realidad el uso de menos del 50% de materia prima nacional, así como también la transformación de bienes pesqueros.
Según un informe de Hermel López, especialista de Desarrollo Rural de ICCA Panamá, la falta de una política agroindustrial rural que dé coherencia y eficacia a las acciones y programas que se desarrollan para las PyMEs es evidente. Estas acciones y programas tienen mayor cobertura e impactos en las áreas urbanas que en las rurales propiamente, por la centralización estatal.
El diagnóstico agropecuario y agroindustrial realizado por la Fundación Tecnológica de Panamá, en 2007, identificó tres experiencias exitosas de agroindustrias que se destacan por sus innovaciones tecnológicas y gerenciales, y por su éxito comercial: Café Kotowa, Boquete, Chiriquí, Conservas Panameñas Selectas, y Agroindustria de la Panela de Dolega, Chiriquí.
