Con cierto retraso por la lluvia y el viento en La Habana, sobre las 17.40 hora local (22.40 GMT) despegó del aeropuerto de La Habana el avión vaticano, un Boeing 777 de la compañía Alitalia, con el pontífice y su séquito a bordo.
Previamente tuvo lugar una ceremonia de despedida, que el mal viento obligó a trasladar al interior del aeropuerto, donde Joseph Ratzinger reclamó que no se impidan las libertades fundamentales en la isla, abogó por la reconciliación entre cubanos y pidió desterrar "posiciones inamovibles".