Panamá tiene un plan de manejo para la isla, pero se ha quedado obsoleto porque su periodo de vigencia venció en el 2001; sin embargo, hay 15 organizaciones ambientales incluyendo la Autoridad Nacional de Ambiente (ANAM), que han estado trabajando en el nuevo plan.
La propuesta plantea claramente que Coiba es una isla con un valor de 101 millones de dólares. La cifra establecida por los ambientalistas incluye el componente forestal 43%, componente marino 34%, humedales 21.1 %, condiciones como área protegida 1.75% , y un flujo económico de 13.1 millones de dólares anuales.
Además, el nuevo plan establece el gran valor científico del lugar, ya que en él se encuentran algas que el Instituto de Investigaciones Científicas y Servicios de Alta Tecnología (INDICASAT), investiga la posibilidad de fabricar medicamentos contra el mal de Chagas, cáncer y leishmaniasis.
Sin embargo, Panamá América pudo conocer que hay otro aspecto que será incluido en la propuesta y es su valor arqueológico, ya que las excavaciones realizadas indican que fue el hogar de varias tribus precolombinas.
Después que los exploradores españoles llegaron, en 1512, estas tribus desaparecieron, huyeron a las otras islas o murieron.
Luego, en 1919, la isla se convirtió en una colonia penal, una de las funciones más importantes a la que fue destinada.
De acuerdo con el ex director del Instituto Nacional de Cultura y arqueólogo, Carlos Fitzgerald, en el lugar se han encontrado datos arqueológicos que evidencian la existencia de asentamientos de poblaciones indígenas precolombinas.
Para Fitzgerald, la isla en sus inicios debió albergar poblaciones sedentarias, no obstante, hasta la fecha no se ha realizado ningún estudio sistemático que permita conocer a ciencia cierta este pasado.
Debido a esta situación es que se va incluir dentro del plan de manejo un punto dedicado a la arqueología.
Hasta el momento, el Plan de Manejo de Coiba está siendo coordinado por Juan Maté del Instituto Smithsonian de Investigaciones Tropicales, quien señala que el plan es una herramienta necesaria para el cambio, así como principal componente de la capacidad de gestión del área protegida.
Panamá América pudo conocer que el documento establece aspectos muy importantes como un plan quiquenal científico que tiene como fin el desarrollo de investigaciones, así como establecer la zonificación del área, uso para la zona especial de protección, entre otros aspectos.
Las entidades que trabajan en el plan de manejo efectúan consultas continuas a las comunidades aledañas a la isla.