La Fiscalía Primera Superior formuló cargos a ocho personas, entre ellas a cinco policías, a la entonces directora del Centro, Iris Cedeño, y a los custodios Guillermo Ábrego y Alexander De Gracia.
La investigación se centró en el uso excesivo de la fuerza por parte de los policías, que lanzaron gases lacrimógenos dentro de las celdas; golpearon a los menores con la vara policial y les sujetaron las manos con zunchos; así como por las condiciones deplorables y el hacinamiento dentro del Centro.
Unidades del Grupo de Apoyo al Servicio (GAS) y de la Zona Metro Este de la PN identificaron también, a través de videos televisivos y fotografías, al subteniente Luis Batista y el cabo Luis Pino, de servicio en la Policía de Menores; el cabo Paco Concepción, del GAS; y los cabos Elio Flores y Sergio Aguirre, adscritos a la Zona Policial Metro Este. Los abogados de los menores solicitaron que se les formule cargos por homicidio y tentativa de homicidio.
