Al menos cuatro organismos internacionales se encuentran ya instalados en la Ciudad del Saber, mientras que otros seis realizan negociaciones y adelantan gestiones con la entidad panameña, para trasladar sus sedes a Panamá.
Entre los organismos que están instalados en la Ciudad del Saber en Clayton se encuentran el Centro del Agua del Trópico Húmedo de Latinoamérica y el Caribe (CATHALAC), dedicado a la investigación en materia de recursos hídricos y cambio climático; el Instituto Interamericano de Cooperación en la Agricultura (IICA), que además de tener su sede nacional en la Ciudad del Saber, auspicia aquí las actividades del Centro Internacional de Desarrollo Rural (CIDER) y del Sistema Hemisférico de Educación Agrícola Superior (SIHDEA).
A la lista se incluyen también el Centro Agronómico Tropical de Investigación y Enseñanza (CATIE), además se está instalada la Agencia Española de Cooperación Internacional (AECI), quien acaba de inaugurar su sede en la Ciudad del Saber.
Por su parte, instituciones como UNICEF, adelantan las obras de remodelación del edificio que albergará aquí su sede regional para América Latina, a partir de enero de 2001.
La Ciudad del Saber además lleva a cabo negociaciones con otras entidades internacionales como el Fondo de las Naciones Unidas para la Agricultura y la Alimentación (FAO), el programa de las Naciones Unidas para el Medio Ambientes (PNUMA) y la Organización Centroamericana y del Caribe de Entidades Fiscalizadoras Superiores (OCCEFS).
Representaciones locales del Programa de las Naciones Unidas para el Desarrollo (PNUD), incluyendo varios de sus organismos regionales y la Organización de Estados Americanos (OEA) adelantan gestiones para trasladar sus sedes al campus de Clayton.
El desarrollo de la Ciudad del Saber ha llevado a la conformación gradual de un núcleo de organismos internacionales estrechamente vinculados al desarrollo humano sostenible de América Latina y Panamá.
Algunos de ellos llevan a cabo programas académicos, además de las labores propias de sus sedes. Otros desempeñan un papel clave en la promoción de valiosas iniciativas de desarrollo, y en la gestión de recursos para las mismas, además de realizar aportes y orientaciones de valor para la cooperación entre las naciones.
