La Comisión de la Verdad admite que tiene dificultades para ejecutar trabajos de identificación de los restos óseos encontrados en diversos puntos del país mediante las pruebas de ADN, porque el Ministerio Público señala que para tener acceso a los restos debe haber una orden judicial.
Según un informe entregado por los miembros de la Comisión de la Verdad, en mayo se pidió al procurador José A. Sossa que facilitara la obtención de una muestra del segundo hallazgo de restos humanos encontrados en el área del antiguo Cuartel de Los Pumas en septiembre de 1999, pero respondió que el único forense autorizado para manejar las muestras es el Ministerio Público y que debe existir una orden judicial autorizando su entrega.
La Comisión ubicó los restos de quien probablemente pudiera ser Hipólito Quintero, el 31 de mayo del 2001, y fue el 1 de octubre cuando las autoridades tomaron muestras de sangre para la prueba de ADN.
También recuperó restos que podrían ser de los guerrilleros que sepultaron en la región de Las Huacas de Quije, durante la dictadura.
Establece que necesita que se le facilite hacer su propio trabajo de identificación para obtener resultados a tiempo y la entrega del informe final. A la vez requiere un presupuesto para las pruebas y contar con el servicio de un laboratorio de prestigio.