Con el salvamento de voto de tres de los nueve magistrados de la Corte Suprema de Justicia, esa corporación de justicia declaró constitucionales los indultos dados por el expresidente Ernesto Pérez Balladares, que incluían al excapitán de las Fuerzas de Defensa, Gonzalo González Rivera, Manuel Salvador Pérez Acevedo, condenado por delitos relacionados con drogas y otros reos sentenciados por tráfico de armas de guerra y falsificación.
Los magistrados Mirtza Franceschi de Aguilera, Adán Arnulfo Arjona y César Pereira Burgos emitieron salvamentos de votos con relación a la decisión del resto de los miembros del Pleno de la Corte, bajo que la decisión adoptada va contra la corriente más moderna del derecho mundial, la que hace imprescindible la acción y la pena en los casos de genocidio, violación de derechos humanos. El procurador José Antonio Sossa presentó en agosto de 1999 una acción de inconstitucionalidad contra el Decreto No. 201 de 30 de agosto de 1999, expedido por el entonces presidente Ernesto Pérez Balladares.
Bajo la ponencia del magistrado Eligio Salas se determinó que el decreto ejecutivo en que se otorga un indulto constituye un acto concreto en ejecución de una atribución que la Constitución, en su artículo 179, numeral 12 le atribuye al Ejecutivo y no se trata de una norma ni legal ni reglamentaria que pueda ser objeto de advertencia de inconstitucionalidad.
En su decisión la mayoría de los magistrados establecen que la figura constitucional penal del indulto es potestad y no obligación del Ejecutivo, que alcanza no sólo el delito político, sino que el radio de acción de este instituto, en determinado caso también abarca los delitos comunes.