Durante la segunda fase del programa que se inició en agosto del 2003, por un periodo de tres años, fueron otorgados al Ministerio de Gobierno y Justicia B/.3 millones 100 mil.
El proyecto estuvo enfocado en aspectos como la defensa de los privados de libertad, seguimiento en materia de salud, disfunciones entre el sistema judicial y el penitenciario, y formación del personal.
Ebrahim Isaac, director del proyecto, explicó que se utilizó B/. 1.2 millón para asistencia técnica y consultoría; y B/. 1.9 millón de aportes financieros para el equipamiento y la puesta en función de los programas en las cárceles.
La Comunidad Europea decidió extender por nueve meses el programa para que fuera ejecutado el presupuesto asignado, luego de algunas paralizaciones que se registraron en el año 2002.
Actualmente, el Sistema Penitenciario Nacional cuenta con un censo, una base de datos al cual tienen acceso la Policía Nacional, Policía Técnica Judicial y Ministerio Público. Se encuentran en la fase final de la construcción de una clínica con 60 camas para el complejo penal La Joya; el nombramiento de 20 médicos y los vídeo conferencias de las audiencias desde los centros penales.
La población carcelaria del país es de 11, 448 privados de libertad.
Los centros penales con mayor número de internos corresponden a: La Joyita con 3, 275 personas; La Joya con 2, 253 y el Centro Nueva Esperanza, en Colón, con 1, 428 detenidos.
La Ley 55 de 30 de julio de 2003, reorganizó el Sistema Penitenciario en Panamá.
