La arquitecta Silvia Arrollo, encargada del proyecto, manifestó que las fuertes crecidas de río afectan significativamente a la estructura, ya que consigo arrastran enormes cantidades de basuras causando la desestabilización de la gran obra de albañilería que data de la época colonial.
Arrollo cuenta que en los primeros días del pasado mes de mayo a dos semana de culminar los trabajos, llovió muy fuerte en la zona, incrementando el caudal del afluente y consigo la acumulación de desperdicios como refrigeradoras, troncos, ramas de árboles, animales muertos, entre otros objetos, los cuales chocan y se enredan en los andamios del Puente.
Estudios realizados después del incidente revelan que la estructura se vio afectada en un 40%, por lo que el Patronato de Panamá Viejo, hizo esfuerzos con la intención de resolver el problema, y por ende la conservación del Puente del Rey.
A través de los años el Patronato de Panamá Viejo ha trabajado con diferentes entidades como el Instituto Panameño de Turismo (IPAT), el Instituto Nacional de Cultura (INAC), la Agencia Española de Cooperación Internacional, el Ministerio de Obras Públicas (MOP) y recientemente con la Autoridad del Canal de Panamá (ACP), para solucionar el grave inconveniente.
En este sentido, se presentaron propuestas, y a mediados de febrero de 2005 comenzaron las labores de consolidación en el monumento.
Se realizaron inspecciones para comprobar el estado de la estructura, trabajos de mantenimiento, así como mejoras en la superficie de la estructura para evitar filtraciones.
Según Silvia Arrollo, encargada del proyecto, se ejecutaron labores en los andamios, limpieza de la vegetación, consolidación de juntas, anclajes en las piedras, repello de la bóveda, reintegración de los arranques y el reemplazo de la estructura de rodadura, mientras que en los inicios de este año 2006 se terminaron de reparar los daños causados.
El Patronato de Panamá Viejo, cuando decide realizar trabajos en la majestuosa obra de la arquitectura, toma en cuenta una serie de consideraciones, como trabajar en sitios precisos: en las piedras fracturadas, el intradós, los arranques de la bóveda y la superficie de rodadura del Puente.
También se combinó las técnicas tradicionales y los nuevos materiales, además de colgar una estructura de andamios liviana para poder trabajar adecuadamente en el intradós de la bóveda.
El Puente del Rey es una gran obra de la albañilería muy representativa de la colonia, el cual fue orientado en dirección norte - sur y cuyo arco posee una altura de 10.90 metros.
La estructura está construida con la misma piedra arenisca con la que se construyó el resto de los edificios de Panamá Viejo. El tamaño de las piedras utilizadas es de aproximadamente 40 centímetros de ancho, por 60 a 70 centímetros de largo, por 1 metro de profundidad.
Los muros son de mampostería, con piedras más pequeñas.