El Tribunal de Cuentas llamó a juicio a Guadalupe Alvarado Bonilla de Ochy, dentro del proceso por supuestas irregularidades en el manejo de dineros del Fondo de Inversión Social (FIS), que tenían que destinarse a la Congregación del Monasterio de la Visitación Santa María de Panamá.
Según la resolución del 14 de marzo de 2012, cuya ponente es Ileana Turner, Alvarado Bonilla debe responder por la posible responsabilidad patrimonial de 548 mil 201 dólares.

Este dinero corresponde a la suma de 358 mil 021 dólares de la presunta lesión patrimonial, más el interés legal por la suma de 190 mil 180 dólares, calculados desde la fecha de la presunta lesión (2002) hasta la fecha de la resolución de llamamiento a juicio.
Alvarado era la administradora de los dineros del FIS, que delegó el exdiputado Francisco Ameglio, para la realización de siete proyectos comunitarios de la congregación eclesiástica.

Aunque Alvarado fue la única que llamaron a juicio en el Tribunal de Cuentas, la Fiscalía Primera Anticorrupción, que realizó una investigación penal por el supuesto delito de peculado doloso, solicitó llamar a juicio a Ameglio, Alvarado y otras 14 personas.
Este caso fue remitido al Juzgado Cuarto Penal, donde se estancó tras varios recursos que presentaron los imputados para dilatar el proceso.

Entre los recursos están un incidente de prescripción que presentó la defensa de Ameglio, un incidente de nulidad y una medida cautelar que solicitó Alvarado Bonilla de Ochy.
El pasado 26 de abril de 2012, la juez suplente Esther Hinestroza negó la prescripción y la nulidad del proceso, y declaró sustracción de materia en la medida cautelar.
La decisión de la negación de la prescripción se fundamentó en que la acción penal de los delitos como peculado prescriben en un término igual al doble de la pena máxima establecida, y en este caso la pena máxima sería de 15 años. Por lo tanto, el doble sería 30 años, es decir en el 2033 prescribiría el caso.
Luego de notificar a las partes de esta decisión, si no presentan apelación, el juzgado debe fijar la fecha de la audiencia preliminar.
Este caso que se registró entre el 2002 y 2003, se inició tras la denuncia que presentó el entonces contralor de la República Carlos Vallarino en el 2009, al detectar supuestas irregularidades en el uso del dinero del FIS para la ejecución de diversos proyectos comunitarios del Monasterio de la Visitación Santa María de Panamá, ubicado en Alcalde Díaz.
Estas supuestas irregularidades se detectaron por un informe de auditoría que reveló desembolsos para la ejecución de siete proyectos comunitarios, de los cuales no se encontraron documentos como recibos, contratos y planillas.