A través del Decreto Ejecutivo N°. 40 de 28 de junio de 2004 se establece que toda embarcación procedente del exterior que llegue a puertos panameños será custodiada por funcionarios aduaneros, desde su llegada hasta su salida e indica los costos de dicha medida.
Según el documento publicado en la Gaceta Oficial N°. 25,083 del miércoles 30 de junio de 2004, la Dirección General de Aduanas, por conducto de sus administradores regionales, cobrará por custodias de las embarcaciones procedentes del exterior, la suma de B/. 26.00 por día o fracción de día laborable; mientras que en los días no hábiles el costo será de B/. 31.00.
Este pago será cancelado por el capitán o la agencia representante de la nave. El Decreto Ejecutivo exceptúa de esta disposición los yates y embarcaciones de recreo o deporte de uso particular. También se exceptúa a los buques de guerra o los transportes militares de naciones amigas.