El Gobierno Nacional, a través de la Autoridad Nacional de Tierras (ANATI), entregó a la Arquidiócesis de Panamá la Escritura Pública del terreno que actualmente ocupa la iglesia Nuestra Señora de La Merced, en el corregimiento de San Felipe.
En febrero de 2003 la Arquidiócesis de Panamá, a través de la gestión de monseñor, José Dimas Cedeño, presentó ante el Ministerio de Economía y Finanzas (MEF) una solicitud para obtener la adjudicación del lote de terreno de este templo religioso, cuya extensión asciende a 106.80 metros cuadrados.
El lugar donde se encuentra la iglesia fue declarado Patrimonio Histórico, mediante Decreto de Gabinete 672 de 26 de noviembre de 1956.
La Primera Dama de la República resaltó la importancia de este evento y señaló que Los Mercedarios (orden católica que administra el templo) continuarán con la labor que han venido desarrollando en Panamá.
La iglesia Nuestra Señora de La Merced funcionó en la otrora ciudad de Panamá La Vieja. Luego del ataque de piratas y corsarios que llevaron a la destrucción de la ciudad, la fachada en piedra de esta iglesia fue traslada pieza por pieza hacia su actual sede en el corregimiento de San Felipe, en 1680.