Varios pasajeros de los aviones secuestrados advirtieron por teléfono a sus seres queridos que quizá nunca los volverían a ver. Y luego las comunicaciones se interrumpieron. Entre sollozos, la azafata Cee Lyles llamó a su esposo en Fort Myers, Florida, dijo su tía Mareya Schneider. "Lo llamó y le hizo saber cuánto lo quería, a él y a los muchachos", dijo Schneider. Se escucharon gritos y luego Lyles dijo: "Hemos sido secuestrados".
Seguidamente se hizo el silencio, dijo Schneider. El avión en que volaba Lyles se precipitó a tierra al sur de Pittsburgh. Momentos antes del choque del avión que volaba hacia San Francisco, el hombre de negocios Thomas Burnett llamó a su esposa y le dijo que el vuelo estaba a punto de caer, pero que él y otros dos pasajeros se proponían hacer algo para impedirlo, según dijo el sacerdote de la familia al diario San Francisco Chronicle. En la llamada, Burnett, de 38 años y tres hijos, dijo a su esposa que un pasajero ya había sido asesinado a cuchilladas.
Las autoridades no han dicho si el intento de los pasajeros por frustrar el secuestro pudo haber sido la causa de que el aparato cayese a tierra en Pensilvania en lugar de alcanzar algún blanco prominente en otro lugar. Otro pasajero del avión de United Airlines, Mark Bingham, llamó a su madre Alice Hogan para decirle: "Te llamo desde el avión. Hemos sido secuestrados. Hay tres hombres que dicen tener una bomba". Otros pasajeros llamaron desde los aparatos que se estrellaron contra el Pentágono y el Centro del Comercio Mundial.
Barbara Olson, comentarista de la televisión y esposa del funcionario federal Theodore Olson, llamó a su esposo dos veces desde el avión que se estrelló sobre el Pentágono para decirle que los secuestradores utilizaron instrumentos parecidos a cuchillos, dijeron las autoridades sin entrar en detalles. Una madre de Connecticut recibió una llamada de su hijo Peter Hanson, que viajaba con su esposa y su hija de dos años en uno de los aviones que chocaron con el Centro. "Murieron juntos. Ese es mi único consuelo".
