Durante la administración Moscoso, tres ministros llegaron a ocupar la cartera de Gobierno y Justicia: Winston Spadafora, Aníbal Salas y Arnulfo Escalona.
Spadafora fue fuertemente cuestionado tras conocerse la construcción por parte del Fondo de Inversión Social (FIS) de una carretera en La Chorrera que conduce casi exclusivamente a una finca de su propiedad, por haber dado la orden para el hundimiento del HP-1430 y por supuestamente haber sido beneficiado con el cargo de magistrado de la Corte Suprema de Justicia, en un supuesto caso de soborno.
La firma de algunos tratados entre Panamá y Estados Unidos como el Salas-Becker, también recibieron el repudio de algunos sectores del país, tras considerarse que se violó la constitucionalidad del país al no ser aprobados por la Asamblea Legislativa.
De igual forma, fue criticada la poca atención a la actividad delictiva que, según estadísticas de Fondo de Naciones Unidas para la Infancia ( UNICEF) y el Comité Nacional de Análisis de Estadística Criminal (CONADEC), se incrementó en este quinquenio.
El aumento de la criminalidad originó en los últimos dos meses del Gobierno Moscoso el conocido, pero también cuestionado Operativo "Mano dura".
En este sentido, el ministro Arnulfo Escalona, aceptó el aumento de los índices de criminalidad durante esta administración, el cual, según dijo, se dio porque la población del país se ha incrementado.
Sostuvo que el aumento de la criminalidad no quiere decir que el trabajo de la Policía Nacional haya sido ineficaz. "Nos sentimos muy contentos con la labor que ha hecho esta institución", afirmó.
A pesar que existe una crisis en los centros penitenciarios del país, especialmente por los altos niveles de hacinamiento, Escalona, en la última fase de su gestión expresó que no le preocupaba el hacinamiento, sino los actores de diversos crímenes que ahora están en las calles. "Hasta el último día del mandato de la presidenta Moscoso, aquí nos van a ver luchando contra la delincuencia", indicó.
Para Escalona, los estamentos de seguridad en estos cinco años tuvieron su grado de evolución, porque se dio más profesionalismo y se mejoró la asignación de recursos.
Los gastos de funcionamiento en seguridad pública durante este Gobierno se incrementaron en más de B/.32 millones, siendo la Policía Nacional la que más dinero gastó en estos cinco años, con un total de B/.31 millones.
En tanto, la situación de violencia que existía en la frontera con Colombia, según Escalona, es parte del pasado.
Aseguró que con el reforzamiento de los contigentes que prestan servicio en la región fronteriza, el área es ahora un lugar pacífico y seguro.