Los distintos presupuestos aprobados desde que se designó el ministro del Canal demuestran que a pesar de no tener funciones la partida ha ido en aumento, pues durante el año 1998, el presupuesto asignado fue de B/.2.026 millones; y en 1999, con motivo de los actos de la transición aumentó a B/.4.026 millones.
Sin embargo, contrario a lo esperado, en el 2000, en el presupuesto del Ministerio de la Presidencia, aparece adscrita la llamada "Oficina del Ministro para Asuntos del Canal" con un presupuesto de B/.2.475 millones, que se incrementó para este año a B/.2.986 millones.
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