Entre las propuestas presentadas por el Ministerio Público para ser incluidas dentro del Código Procesal Penal se incluyó aquella que permite alcanzar acuerdos con los imputados que permita concluir investigaciones de crimen organizado.
De acuerdo con la propuesta, una vez que el Ministerio Público alcance el acuerdo con el investigados, deberá presentarla ante el Juez de Garantías para que este lo acepte o rechace.
Se establece además que el Juez de Garantías sólo podrá negar la propuesta de la fiscalía por desconocimiento de las garantías fundamentales.
También se incluye en la propuesta que el Ministerio Público pueda alcanzar acuerdos con el sindicado, para que éste se declare culpable del delito imputado.
Aquí el sindicado aceptará su responsabilidad, a cambio de una pena menor o que no se le hagan cargos específicos.