Se cree que un barco que transportaba la imagen se dirigía a Cartagena, Colombia, pero cada vez que intentaba zarpar de Portobelo se desataba una tormenta que obligaba a la nave a regresar al puerto. El capitán de la nave con la finalidad de agilizar el viaje, tiró por la borda unas cajas que llevaban en la bodega que según se cuenta, llevaba al Cristo Negro.
La curiosidad no se hizo esperar, por lo que enseguida procedieron a abrir lo que se había descubierto. Grande fue el asombro de las personas al ver que era la imagen de Jesús Nazareno. Supuestamente en ese entonces se desató una epidemia que azotó a los costeños, y con ruegos de lamento solicitaron con fe que los librara de todo mal.
Versiones parecidas señalan que un marinero propuso dejar la imagen en Portobelo para ver si cesaba la tormenta. De hecho así sucedió, pero nuevamente decidieron subir la imagen al barco: la tormenta volvió y la caja fue lanzada al mar por los pescadores, mientras que otros dicen que la imagen fue dejada en el templo.
Según relata la historia, luego los portobeleños se curaron de la epidemia cuando sacaron al Cristo en procesión.
Desde aquel año los pobladores, en conjunto con los miles de creyentes a nivel nacional, cumplen con la tradicional celebración que ha transcurrido de generación en generación.
Aurelio Moreno, sacerdote de la iglesia de San Miguel, destacó que aunque son miles los feligreses que asisten a la ciudad de Colón para celebrar la fiesta del Cristo Negro, muchos se quedan en el distrito capital rindiendo homenaje al santo de los milagros.
Moreno señala que esta parroquia acoge un total de 5 mil devotos entre niños, jóvenes y adultos este día, que asisten al templo a cumplir con las mandas encomendadas, con el propósito de celebrar las actividades de Jesús Nazareno, que con una eucaristía a la 9: 00 a.m., se alaba al "santo de los milagros".
Además se realiza una serie de acciones que son costumbres arraigadas en la comunidad durante años. Habrá ventas de comidas y tómbolas, luego a las 6:00 p.m., se efectuará una segunda misa solemne, para luego realizar la procesión por las calles del pueblo.
También durante el recorrido se da la tradición de bailar la imagen en ciertos puntos de la comunidad hasta llegar a la parroquia.
Fernando Moreno, ayudante de la parroquia, manifestó que esta práctica asemeja el vaivén de las olas cuando el Cristo Negro estaba en el mar.