La relación entre el Ejecutivo y la Corte Suprema de Justicia estuvo marcada en los primeros cien días de gobierno por la aprobación de una ley que modifica el calendario de elección de la Junta Directiva de esta entidad.
El cambio consiste en pasar de octubre a enero la elección del nuevo Presidente y Vicepresidente de la Corte, para darle oportunidad a que los dos magistrados que nombrará Martinelli ,este mes, puedan participar.
La iniciativa del Ejecutivo motivó críticas de la oposición y la sociedad civil organizada.
Otro elemento que marcó la relación entre el Ejecutivo y el Órgano Judicial fue la posposición de la puesta en vigencia del nuevo Código Procesal Penal, un compromiso logrado en el Pacto de Estado por la Justicia que debió cumplirse en los primeros días del pasado mes de septiembre.
Pero, el Ejecutivo propuso que su entrada en vigencia se pospusiera para dentro de dos años. El argumento: falta de recursos financieros.
La decisión es considerada por la Alianza Ciudadana Pro Justicia como un atraso. Magaly Castillo, vocera de la Alianza, aseguró que ha faltado voluntad para asignar los recursos que le permitan al Órgano Judicial implementar los acuerdos alcanzados en el Pacto de Estado por la Justicia.
Al aparato judicial también se le redujeron B/ 42 millones de su presupuesto para el año 2010.
En las vísperas de los cien días, el Gobierno anunció su interés en implementar una fórmula para declarar en interinidad a los jueces y magistrados de la Carrera Judicial.
