A partir de 1756, pasó año y medio diseccionando caballos y dibujando desde distintas posiciones sus músculos y esqueletos. Aunque trabajaba con cadáveres suspendidos del techo, sus dibujos, reunidos en una de las salas de la exposición, parecen realizados teniendo como modelo a los caballos vivos. Fruto de aquellos estudios, la obra "Anatomía del Caballo" se publicó en 1766: contenía dieciocho láminas grabadas por el artista y más de cincuenta mil palabras de detalladas descripciones.
Uno de los temas más interesantes lo constituyen sus pinturas de caballos y leones, inspiradas en un modelo clásico: la escultura helenística de un león atacando a un caballo en el jardín del Palazzo dei Conservatori, de Roma.
- Stubbs trabajó para el segundo marqués de Rockingham. A este pertenecía el caballo llamado "Whistlejacket", de quien Stubbs hizo un retrato.Se trata de una composición notable por su total ausencia de la figura humana.También está totalmente ausente el paisaje, tan importante en otras obras.
