La cinta, que originalmente se llamaría "El Milagro de Villa Aldama", es una adaptación de la novela "El Crimen del Padre Amaro", del portugués José María Eça de Queiroz (1845-1900), publicada en Lisboa en 1875.
La misma trata de un joven y recién ordenado sacerdote, Amaro, interpretado por Gael García Bernal, quien llega a un pequeño pueblo para ayudar al Padre Benito en los servicios del templo.
Luego Amaro se va dando cuenta de cosas poco usuales que suceden, entre ellas el que el Padre Benito recibe ayuda económica de los narcos de la región, y otros de los padres como que apoya a la guerrilla. Y como si fuera poco, conoce a Amelia (Ana Claudia Talancón), una joven que siempre ha vivido apegada a la religión y que siente una fuerte atracción por él.
