Primeramente, el Morro de São Paulo fue lugar de batallas entre europeos que disputaban colonias tropicales recién descubiertas en las Américas (siglos XVII - XIX).
En este periodo, el Morro de São Paulo se transforma en fuerte y punto militar de apoyo a las flotas portuguesas.
Con el fin de la colonización y con la independencia de Brasil, el Morro de São Paulo fue afortunadamente olvidado y se ha podido recuperar de las barbaries humanas.
En el siglo XX, el Morro de São Paulo entra en decaimiento (desde el punto de vista de la civilización mercantil) y vuelve a ser un simples pueblo de pescadores.
Al fines del siglo XX, el Morro de São Paulo es "redescubierto" por jóvenes amantes de aventuras.
Desde ahí, ocurre entonces en la isla una loca recolonización, ahora por turistas de todas las partes y por empresarios del area de turismo y de hoteles, transformándose en uno de los lugares más visitados del nordeste de Brasil, ya que se ubica cerca de la capital del Estado de Bahía, (Salvador), y es posible alcanzarla desde Valença, demorandose solamente 40 minutos de lancha a motor.
El gobierno brasileño ha transformado a la Isla de Tinharé y a la vecina Isla de Boipeba en APA (Área de Protección Ambiental), estableciendo, por lo menos en teoría y por ley, las bases de un turismo ecológicamente sostenible.
