La última aventura de Indiana Jones empieza en el desierto del suroeste Estados Unidos en 1957, en plena Guerra Fría. Indy y su amigo Mac acaban de escapar por los pelos de las garras de unos infames agentes soviéticos en un remoto aeropuerto.
Indiana, a punto de irse, conoce a un joven rebelde llamado Mutt, que le propone un trato. Si el arqueólogo le ayuda a resolver un problema personal, podría hacer uno de los descubrimientos más espectaculares de la historia; se trata de la Calavera de Cristal de Akator, un objeto legendario que despierta la fascinación, la superstición y el miedo. Viajan al Perú, tierra de antiguas tumbas, exploradores olvidados y rumores de una ciudad de oro.