El horno microondas se caracteriza por su fácil y rápida limpieza. Esta operación ha de hacerse a diario, aunque para ello, se debe desconectar siempre de la red antes de pasarle un trapo húmedo.
Otra de las ventajas que han introducido los hornos microondas, frente a los sistemas tradicionales, es que los alimentos pueden calentarse en las mismas fuentes de servir, sin que éstas se afecten por el calor.
Esta característica supone ventajas adicionales como evitar prisas finales para comer platos en su punto, o el ahorro de utensilios domésticos.
Es muy fácil la limpieza de estos aparatos. Al no producirse carbonizaciones en la elaboración del alimento, su limpieza es fácil y sencilla.
Conviene prestar atención a la higiene del interior de la puerta, y cerraduras. Además de ser focos de suciedad, pueden incluso impedir que el cierre de la puerta sea hermético. Para su limpieza nunca se deben utilizar productos químicos cáusticos o abrasivos y tampoco se rasparán las zonas sucias con objetos punzantes.
Para que esté sin malos olores, se recomienda colocar un vaso de agua con limón, encender el microondas y cuando empiece a soltar vapor, pasar un paño y listo.