"Los expedientes secretos X: Quiero creer", deja de lado toda la mitología de la serie televisiva: no hay alienígenas ni complots gubernamentales, pero sí se mantiene el rasgo sobrenatural que marcó una de las producciones que generó legiones de espectadores durante sus nueve años de duración en la pantalla chica.
Ambos protagonistas tomaron caminos distintos, pero la película los destina a reunirse para solucionar el caso de la desaparición de una agente, una operación que está a cargo de dos escépticos detectives.
Todo pasa por el padre Joseph Crissman, interpretado por Billy Connolly, un sacerdote de oscuro pasado que vive en una comunidad aislada, con la intensión de reprimir cualquier posibilidad de que vuelva a cometer los horribles pecados de su juventud.
El padre Joseph comienza a experimentar visiones que conducen a los policías a diversas pistas que pueden solucionar el caso, pero el FBI sospecha de aquellas intervenciones divinas pensando en el sacerdote.
