Los peajes del Canal constituyen el derecho de transitar que pagan las naves que así desean hacerlo. Estos peajes se determinan de acuerdo al volumen de carga y a las medidas de la nave, siguiendo las normas promulgadas por la Convención Internacional de Arqueo de Tonelaje de Naves de 1969.
La Autoridad del Canal de Panamá ha elaborado los reglamentos necesarios para el arqueo de buques para la fijación de peajes, el procedimiento para el cambio de las reglas de arqueo y peajes y para la fijación de peajes, tasas y derechos por el tránsito de las naves por el Canal. El Sistema de Tonelaje utilizado en el Canal se conoce como Sistema Universal de Arqueo del Canal de Panamá.
Este sistema aplica una fórmula matemática al arqueo del volumen total de la nave para determinar el tonelaje neto del Canal. Una tonelada neta del Canal es igual a 100 pies cúbicos de capacidad de ingreso real. La tarifa apropiada se aplica de acuerdo a que si el barco está cargado o vacío (en lastre). Se aplica la tarifa de "cargado"a los buques que llevan carga o pasajeros. Para que un buque reciba la tarifa reducida en lastre (sin pasajeros ni carga), el volumen del lubricante a bordo para el uso del buque no debe exceder 125% del volumen de su cuarto de máquinas, indicado en el certificado de tonelaje del Canal de Panamá. Otras embarcaciones flotantes, incluyendo los barcos de guerra, aparte de los de transporte militar y naval, carboneros, barcos de abastecimiento y buques hospitales, pagan con base a su tonelaje de desplazamiento real. Una tonelada de desplazamiento equivale a una tonelada larga de 35 pies cúbicos de agua salada.
Los peajes del Canal han sido aumentados en nueve ocasiones, siendo la primera el 8 de julio de 1974. El último aumento de peaje fue aprobado en 1996 por el Registro Federal de los Estados Unidos y se realizó en dos etapas: a partir del 1 de enero de 1997, en un 8.2% y el 1 de enero de 1998, en un 7.5%.
Este aumento escalonado fue realizado para poder contar con los ingresos necesarios para ejecutar el plan de modernización y mejoras del Canal, cuyo costo es de mil millones de balboas. Ahora la ACP ha presentado a sus clientes una propuesta formal para modificar su estructura de precios por un nuevo modelo en base a la segmentación de las naves por su carga y su tonelaje, además de una tarifa adicional de US$ 200 por línea en concepto del servicio conexo de locomotoras. Aplicando una política de consulta con los usuarios, la ACP realizará una audiencia pública en Panamá el próximo 19 de julio. Pero los interesados podrán enviar sus comentarios durante los próximos 30 días. La ACP revisará todos los comentarios y elevarán sus recomendaciones para la aprobación final de la junta directiva.