Al recién capturado Francisco Javier las autoridades de Estados Unidos le consideraban el responsable de las operaciones de la organización criminal en Mexicali y Tijuana, ciudades en las que han sido descubiertos túneles para el contrabando de drogas entre los dos países en los últimos años.
El cártel se especializó en el comercio de marihuana y cocaína, drogas producidas no sólo en México sino importadas de Colombia y otros países de Sudamérica, según la Oficina Antidrogas de Estados Unidos y parece que se ha apoderado de parte del mercado de metanfetaminas y otras drogas sintéticas.
Especialistas consultados por EFE consideran que el cártel de Tijuana estaba en los últimos años encaminándose "a ser una verdadera corporación, una organización con sucursales, miembros y oficinas" alejado de la notoriedad que han mostrado algunas bandas de narcotraficantes.